Direktur Pascasarjana I 1994-1997
Prof. Dr. H. Harun Nasution, Ph.D
Direktur Pascasarjana II 1997-2001
Prof. Dr. H. Thoha Hamim, MA., Ph.D.
Direktur Pascasarjana III 2001-2005
Prof. Dr. KH. Sjeichul Hadi Permono, SH, MA.
Direktur Pascasarjana IV 2005-2009
Prof. Dr. H. Ahmad Zahro, MA
Direktur Pascasarjana V 2009-2013
Prof. Dr. H. M. Ridwan Nasir, MA.
Direktur Pascasarjana VI 2013-2018
Prof. Dr. H. Husein Aziz, M.Ag.
Direktur Pascasarjana VII 2018-2022
Prof. Dr. H. Aswadi, M.Ag.
